সুলতানি-মুঘল আমলে বর্তমান ফরিদপুর জেলার অধিকাংশ ফতেহাবাদ জনপদের অন্তর্ভুক্ত ছিল। জেলার পশ্চিমাংশ (বোয়ালমারী-মধুখালী) ছিল মাহমুদাবাদ-এর মধ্যে। ১৭৮৬ সালে ফরিদপুর জেলা প্রতিষ্ঠালাভ করে। তখন জেলার নাম ছিল ঢাকাজালালপুর এবং সদরদপ্তর ছিল ঢাকা। ১৮০৭ খ্রিষ্টাব্দে জেলার সদরদপ্তর ফরিদপুর শহরে স্থানান্তর করা হয়। ফরিদপুরে আসার পরও জেলার নাম ‘ঢাকাজালালপুর’ ছিল।

১৮৩৩ সাল থেকে জেলার নাম ‘ফরিদপুর’ ব্যবহৃত হতে থাকে। গোয়ালন্দ, ফরিদপুর সদর, মাদারীপুর ও গোপালগঞ্জ এই চারটি মহকুমা সমন্বয়ে ফরিদপুর জেলা পূর্ণাঙ্গতা পায়। বর্তমানে বৃহত্তর ফরিদপুর জেলা ফরিদপুর, রাজবাড়ী, গোপালগঞ্জ, মাদারীপুর ও শরীয়তপুর এই পাঁচটি জেলায় রূপান্তরিত হয়েছে।

এই এলাকার প্রাচীন মসজিদগুলোর মধ্যে রয়েছে গেরদা মসজিদ (১০১৩ হিজরি), পাথরাইল মসজিদ ও দিঘী (১৪৯৩-১৫১৯ খ্রি.), সাতৈর মসজিদ (১৫১৯ খ্রি.)। এলাকার অন্য উল্লেখযোগ্য স্থাপনা হলো ফতেহাবাদ টাঁকশাল (১৫১৯-৩২ খ্রি.), মথুরাপুরের দেউল, জেলা জজ কোর্ট ভবন (১৮৯৯ খ্রি.), এবং ভাঙ্গা মুন্সেফ কোর্ট ভবন(১৮৮৯ খ্রি.),ভাঙ্গা গোল চত্বর বসুদেব মন্দির ও জগবন্ধু আঙিনা।

তৎকালিন ফরিদপুর এর মাদারীপুর থেকে হাজী শরীয়তুল্লাহ ফরায়েজি আন্দোলন শুরু করেন। পুরো বাংলায় ছড়িয়ে পরা বিখ্যাত এই আন্দোলনের কেন্দ্রভূমি ছিল ফরিদপুর জেলা। শরীয়তুল্লাহের পুত্র দুদু মিয়ার নেতৃত্বে এখানে নীলকর-বিরোধী আন্দোলন হয়। জেলার প্রধান নীল কুঠিটি ছিলো আলফাডাঙা উপজেলার মীরগঞ্জে, যার ম্যানেজার ছিলেন এসি ডানলপ। এ জেলার ৫২টি নীল কুঠি এর অন্তর্ভুক্ত ছিল। গড়াই, মধুমতি ও চন্দনা বারাশিয়া নদীর তীরে নীল চাষ হতো।

বাংলার মুসলিম জাগরণের অগ্রদূত নবাব আবদুল লতীফ নীল চাষিদের আইনি সহায়তা প্রদান করেন। ভারতের স্বাধীনতার প্রথম শহীদ, মীর নিসার আলি তিতুমীর চব্বিশ পরগনা, নদীয়া এবং ফরিদপুর জেলা নিয়ে একটি স্বাধীন জনপদ গড়ে তুলেন, এবং তীব্র বৃটিশ বিরোধী আন্দোলন গড়ে তোলেন